Muromachi-perioden: 1392-1568
Feudalismen er i opløsning, og Shogunatet er overgået til Ashikaga-slægten (1338-1565), som flytter regeringen til et kvarter i Kyoto kaldet Muromachi, hvoraf navnet på perioden kommer.
Perioden fra 1467-1568, den sidste del af Ashikaga-shogunatet, kaldes for Sengoku Jidai, som betyder de krigende provinsers tid. Navnet kommer af, at landet i denne periode var splittet mellem krigsførende feudalherrer.
Trods stor politisk uro i årene fra 1100-1500, som også betegnes Japans middelalder, Chusei, har landet i denne periode opnået stor økonomisk og social udvikling. Det var i Chusei, at landbrugsarealer blev markant udvidet, og nye dyrkningsmetoder blev taget i brug. Lige så vel som en ny købmandsklasse opstod, mens handelsmarkederne blev flere.
Også forbindelsen til Kina blev i sidste halvdel af 1500-tallet genoprettet.
Landet samles og Tokugawa-staten træder i kraft: 1568-1853
I starten af denne periode befinder landet sig i en kaostilstand med mere end 250 daimyoer (tidligere betegnelse for en lensherrer) i krig.
Perioden indledes med daimyoen Oda Nobunagas erobring af Kyoto i 1568 og afsættelsen af den daværende regering, Ashikaga-shogunen.
I år 1600 fandt det berømte Sekigahara-slag sted. Det siges, at 100.000 mand deltog i slaget, der endte med at blive vundet af krigsherren Tokugawa Ieyasu, som tre år senere blev udnævnt som shogun. År 1603 er dermed starten på Tokugawaperioden, der varede indtil 1853.
Tokugawas militære regering (også kaldet bakufu) blev anlagt med hovedsæde i byen Edo, det nuværende Tokyo. Bakufuregeringen gav Tokugawa stor magt, og samfundsstrukturen blev hierarkisk. Samfundsklasser var bundet til deres respektive pladser.
Japan blev et lukket land med den forestilling om at skabe politisk stabilitet i landet. Sakoku er et centralt begreb for tiden, som betegner den isolationistiske udenrigspolitik, Tokugawa-regeringen førte.
Isolationen fra andre lande betød blandt andet, at der blev indført dødsstraf for japanerne, hvis de byggede både eller forsøgte at forlade landet. Andre nationaliteter måtte forlade landet og kristne blev enten tvangsomvendt eller henrettet.
Perioden var præget af økonomisk vækst og kulturel opblomstring.